インターミッションのメニュー「ファクトリー」の「Magicカスタマイズ」では、敵機の撃墜などによって獲得できるTacP(タックポイント)を支払うことでカスタマイズの段階が上昇し、それによって部隊全体が様々な効果を得られます。
Magicカスタマイズには0~6段階の「GRADE」があり、「GRADE:0(初期状態)」では効果がなく、「GRADE:1」から効果が発揮されます。
なお、各GRADEにはそれぞれ3つの効果があり、その中からどれか一つを選択し、決定した後に効果を変更することは出来ません。